A Bélyegmúzeum törzsgyűjteménye mellett igen fontosak a különgyűjtemények is, amelyek vásárlás, ajándék és hagyaték révén kerültek a Bélyegmúzeumba. Ezeket gyűjtőjük összeállítása alapján, változtatás nélkül őrizzük és mutatjuk be kiállításainkban, az adományozókról megemlékező arcképeket pedig a Donátorok Falán helyezzük el. A legnagyobb különgyűjtemény Soó Rezső akadémikus mintegy 225 ezer darabos hagyatéka, amelyből állandó és évente változó kiállítás keretében mutatunk be válogatást a debreceni Soó Rezső-emlékszobában. Igen értékes az állandó kiállításban is látható válogatás Térfi Béla előfutár levél-gyűjteményéből, és jelentős az osztrák postabélyegeknek magyarországi hely-kelet bélyegzővel ellátott gyűjteménye is (1850-1867), valamint a gazdag Aroundel-féle inflációs gyűjtemény. Igazi különlegesség az állandó kiállításban bemutatott Fournier-féle hamisítvány-gyűjtemény, illetve a ballon- és légipostai levelek gyűjteménye is.
Különgyűjteményeink:
1. UIT jubileumi gyűjtemény
2. Magyar hamisítványok,
3. Európai hamisítványok
4. Tengerentúli hamisítványok
5. Vegyi úton megváltoztatott hamisítványok
6. “Baranya” gyűjtemény
7. Magyar Nemzeti Kormány, Szeged
8. “Fiume” gyűjtemény
9. Dessewffy, Madarász féle vésetjavítások
10. 1871-ig megjelent világgyűjtemény
11. Bosznia – Hercegovina gyűjtemény
12. Külföldi magánposták
13. Magyar magánposták
14. Magyar klasszikus bélyeg levélen
15. Állami Nyomda gyűjtemény
16. Fournier-féle hamisítvány
17. UPU 75. évfolyam, A-B album
18. “Visnya” ívszél gyűjtemény
19. Osztrák posta Magyarországon
20. Zeppelin és egyéb légiposta
21. Magyar támpéldány gyűjtemény
22. 1867. magyar bélyegek /közös/
23. “Térfi-”féle előfutárok
24. “Kallós” híradástechnikai motívumok
25. “Rampacher” tengeri hajóposta
26. Bosznia – Hercegovinában használt nyomtatványok
27. “Vallus”-féle előértéktelenített hírlapbélyegek
28. Kiállítási anyag
29. Bakay féle lebélyegzés gyűjtemény
30. Felvidék- Erdély- Délvidék (bélyegzések)
31. Olasz okmánybélyegek
32. Bírói úton lefoglalt hamisítványok
33. 1944–45. magyar megszállás
34. Különféle vízjel Turul bélyegen
35. Hadifogoly levelek
36. Koronázási lebélyegzések
37. Osztrák postahivatalok lebélyegzései
38. Rácz – Rónai lebélyegzés
39. dr. Mocsári céglyukasztásos bélyegek
40. Dobszótól a műholdig
41. Első világháborús inflációs bélyegek
42. Bélyegkincstár
43. Alkalmi lebélyegzések
44. “Bush” emlékalbum
45. “Arundel” gyűjtemény
46. “Soó” gyűjtemény
47. Hámori Simon Gy. Ferenc anyaga
48. Távirat gyűjtemény
49. Mocsári-féle céglyukasztásos bélyegek
50. Théesz-féle argentin hungarica-gyűjtemény
51. Surányi féle hírlapilleték bélyegek
52. Palmans ívrekonstrukció gyűjtemény
53. Péterfi gyűjtemény
54. Jónás-féle hajómotívum gyűjtemény K-1 (B-59/2000)
55. Klassohn-féle alkalmi bélyegzőlenyomat gyűjtemény
56. Kaponay Mihály ausztrál automata-bélyegek, FDC-k
57. Debreczeni Zsolt /Országos és Nemzetközi bélyegkiállítások/
58. Dudás László különgyűjtemény
59. Cziglényi Ádám különgyűjtemény
60. Pápai Állam különgyűjtemény /Bér Andor/
61. Bér Andor bélyegelőtti levélgyűjtemény
62. Lendvai Imre Carte Maximum gyűjteménye
63. Cornides különgyűjtemény